MSI paketeissa asetusten määrittely on tehty yleensä propertyjen avulla. Propertyjä pystytään määrittelemään yleisesti kolmesta eri paikasta: suoraan MSI- pakettiin, MST- tiedostoon tai komentojonolta.
Valmiin MSI- paketin suora muokkaus ei ole yleisellä tasolla suotavaa vaan aina kun mahdollista kannattaa tehdä MST- tiedosto joka pitää sisällään MSI- pakettiin tulevat muutokset. MST- tiedoston teko vaatii apuohjelman, joista yksi käytetyin ja yksinkertaisin on ORCA (One really cool app), jonka takia osa oikaisee tässä vaiheessa ja laittaa propertyt suoraan komentojonoon.
Kun Windows Installer asentaa MSI- pakettia, tekee se cache- paketin työasemalle joka pitää sisällää tiedot ko. asennuksesta, eli asennutut komponentit, määritetyt propertyt jne. Windows Installer ei kuitenkaan cacheta työasemaan kuin MSI- paketin ja MST- tiedon sisältämät tiedot. Jos propertyjä on määritetty komentojonolta, tulee ko. asetukset voimaan asennuksessa, mutta kun MSI- paketille ajetaan repair- toiminto Windows Installer lukee asetukset cachessa olevasta MSI- paketista jolloin alkuperäiset propertyjen arvot tulevat voimaan.
Esim.
Sovellus ottaa yhteyttä palvelimeen (esimerkkiserveri), jonka nimi tai ip-osoite määritellään asennuksen aikana ja talletetaan propertyyn SERVER. Kun sovellus asennetaan msiexec /i esimerkkiohjelma.msi SERVER=esimerkkiserveri tulee palvelimen nimi oikein sovellukseen. Kun MSI paketille ajetaan add/remove programs ikkunasta repair- komento, ei Windows Installer- palvelulla ole tietoa ensimmäisen asennuksen aikana käytetystä property SERVER=esimerkkiserveri arvosta, vaan se käyttää MSI- paketin/MST- tiedoston sisältämää arvoa.
Em.ongelma tulee vastaan silloin kun sovellus lukee asetuksia rekisteristä. Jos asetukset ovat tiedostossa, ei ongelmaa ole vaikka propertyn arvo onkin muuttunut. Repairin komento on msiexec /fvomus... joka asentaa koneelle uudestaan pikakuvakkeet, kone- ja käyttäjäkohtaisen rekisteriosion sekä hävinneet tai vanhemmat tiedostot kuin MSI- paketissa olevat jolloin tieto säilyy koneella. Edellyttäen ettei kukaan/mikään poista asetustiedostoa.